Het orgel in de Koepelkerk is in 1875 gebouwd door P. van Oeckelen. Het was het eerste orgel in de in 1655 gebouwde kerk. In de negentiger jaren van de vorige eeuw zijn de nodige reparaties aan het orgel uitgevoerd, o.a. door Mense Ruiter. In 2009-2010 vond een algehele restauratie plaats door de firma Steendam. Het orgel heeft 2 manualen en een aangehangen pedaal. Het heeft 16 stemmen, 9 op het hoofdwerk en 7 op het bovenwerk. Het orgel staat op 4 gietijzeren zuilen, is in 1910 in een eiken kleur geschilderd om in 1990 de oorspronkelijke mahonie kleur weer terug te krijgen.